¡Se viene el Día de la Genómica en Montevideo!
En 2020 Uruguay se suma por primera vez al Genomic Day, una iniciativa del Laboratorio de Biología y Sistemas Computacionales del Instituto Oswaldo Cruz de Río de Janeiro.
¡Se viene el Día de la Genómica en Montevideo!
En 2020 Uruguay se suma por primera vez al Genomic Day, una iniciativa del Laboratorio de Biología y Sistemas Computacionales del Instituto Oswaldo Cruz de Río de Janeiro.
Un grupo de investigadoras e investigadores del Departamento de Microbiología de nuestro Instituto logró desarrollar un kit que permite detectar el virus SARS-CoV-2 que causa la COVID-19 en menos de 45 minutos.
Este kit de detección rápida del virus SARS-CoV-2 se basa en una tecnología altamente específica, que utiliza una combinación de enzimas, es decir, moléculas proteicas, que junto a fragmentos de ARN en este caso actúan para captar y detectar una región muy específica del virus cuando está presente en una muestra.
Además de su especificidad, este método es más rápido que los que están siendo utilizados actualmente, y no requiere una infraestructura compleja ni personal altamente calificado. Como si fueran pocas ventajas, el resultado se visualiza como una banda coloreada similar a lo que observamos en los tests rápidos de embarazo.
Esta tecnología ya se está empleando y evaluando en otros países y ha sido recientemente autorizada para su uso por la Administración de Alimentos y Medicamentos de los Estados Unidos (FDA por las siglas en inglés). Estas tecnologías están revolucionando la forma en que estudiamos y manipulamos el material genético no sólo de los virus, si no el de todos los seres vivos.
El logro de este grupo de trabajo conformado por Paula da Cunda, Paola Scavone, Ana María Ibañez, Felipe Burgos, María José González y Eduardo Volotão, es que han desarrollado esta tecnología de vanguardia con sistemas moleculares propios, diseñados por ellos mismos, lo que resulta en un gran paso más para enfrentar la pandemia con conocimiento e innovación local.
Este kit complementaría los grandes avances que se han realizado para el diagnóstico y control de la pandemia en Uruguay, al acortar tiempos y ahorrar importantes cantidades de dinero. Cabe destacar que esta tecnología puede aplicarse para la detección de otros virus y bacterias, lo que abre un campo para el diagnóstico humano, animal y ambiental.
¿En qué consiste el test a grandes rasgos?
La primera etapa consiste en la amplificación del material genético y la siguiente en la detección específica de este material mediante el uso de moléculas coloreadas llamadas reporteros. La presencia del virus se puede visualizar agregando una tira de flujo (estilo eva-test).
¿En qué etapa estamos hoy?
Ya hemos probado que la tecnología funciona para la detección del virus SARS-CoV-2.
Ahora comenzamos la siguiente fase, cuyos pasos serán:
-realizar una validación con un número de muestras amplio (positivas/negativas)
-calcular el desempeño (performance) del test (especificidad, sensibilidad, valor predictivo positivo/negativo, límite de detección)
-evaluar su uso sin la necesidad de realizar extracción de ARN, por ej. directamente de saliva
Por consultas pueden contactar a Paola Scavone – pscavone@gmail.com
Prensa: Rocío Ramírez Paulino iibcedivulgacion@gmail.com – 098 773 165
El Departamento de Biodiversidad y Genética del IIBCE en conjunto con la Dirección Nacional de Medio Ambiente (MVOTMA) están organizando el primer curso de entrenamiento en “DNA Barcoding”, que se realizará en Uruguay entre el 8 y 20 de octubre de este año.
El curso está abierto a técnicos y estudiantes de las todas las áreas aunque el énfasis será en pasturas y monte nativo, ya que la intención es que la técnica se desarrolle en el país de la mano de la conformación del nodo nacional del International Barcode of Life (iBOL).
Durante el curso los participantes realizarán la secuenciación de varias especies de pastos y árboles nativos, para obtener las regiones de ADN que permitirán su identificación genética (etiqueta genética o código de barras).
Las postulaciones al curso se realizan hasta el 3 de octubre por el correo marianacosse@gmail.com (Mariana Cosse).
Compartimos algunas imágenes de las etapas de coordinación del curso, que ha reunido a especialistas, investigadores, técnicos y actores políticos de diversas instituciones.
Este curso es financiado por PEDECIBA y el Fondo Japonés de Biodiversidad a través de la Convención de Diversidad Biológica (GTI) y apoyado por el Instituto de Biodiversidad de Ontario en donde se ha desarrollado el centro de la Biblioteca de la Vida.
Reunión con botánicos, biólogos e ingenieros agrónomos discutiendo las especies de flora nativa que se incluirán en el curso
Natalia Mannise preparando material para herborizar y generar una ficha de las especies seleccionadas
Primera reunión de coordinación de un futuro nodo nacional de iBOL, coordinada por el Secretario Nacional de Ciencia y Tecnología, Dr. Eduardo Manta
Entre los contenidos teóricos se verá una introducción a los fundamentos de la sistemática con énfasis en la sistemática molecular; métodos de inferencia filogenética (parsimonia, máxima verosimilitud e inferencia bayesiana), modelos evolutivos, combinación de datos morfológicos y moleculares, delimitación de especies y estimación de tiempos de divergencia.
En las sesiones prácticas se utilizarán programas informáticos para realizar alineamientos, reconstruir filogenias con diferentes métodos, seleccionar modelos evolutivos, estimar tiempos de divergencia y delimitar las especies. Finalmente los estudiantes expondrán los resultados obtenidos a partir del análisis de sus propios datos o los proporcionados por los docentes.
Para inscribirse enviar un mail a Leticia Bidegaray (letigaray@yahoo.com) antes del 15 de noviembre.
Participan los docentes Leticia Bidegaray, IIBCE, Montevideo (Coordinadora); Miquel Arnedo, Universidad de Barcelona, Bracelona, Catalunya (Docente Invitado); Fernando Álvarez, Facultad de Ciencias- UdelaR, Montevideo; Arley Camargo, Centro Universitario de Rivera- UdelaR, Rivera; Andrés Iriarte, Instituto de Higiene, Facultad de Medicina- UdelaR Montevideo; Héctor Romero, Facultad de Ciencias- UdelaR, Montevideo.
IIBCE lidera un proyecto nuevo con una importante financiación internacional
Estas jornadas serán del 28 de noviembre y el 2 de diciembre en la sede del CURE en Rocha.
Extendemos una invitación especial para una sesión donde participará nuestra investigadora Claudia Piccini: “Avances para el monitoreo y gestión de floraciones nocivas en Uruguay”
El principal objetivo de la sesión es generar un espacio para presentar trabajos sobre floraciones nocivas dulceacuícolas (i.e. cianobacterias) y marinas (i.e. dinoflagelados) para buscar abordajes comunes a ambos ambientes. Se espera que se presenten investigaciones básicas y aplicadas sobre estos eventos, con énfasis en el monitoreo, análisis, predicción y gestión de la problemática.
La fecha límite para la recepción de resúmenes es el 30 de setiembre.
Este curso de posgrado se realizará del 1 de agosto al 9 de setiembre en nuestro Instituto.
Las inscripciones están abiertas hasta el 26 de julio y realizan en la Bedelía de la Facultad de Ciencias o a través del siguiente correo: posgrado@fvet.edu.uy
El objetivo principal es brindar a estudiantes de posgrado provenientes de diversas áreas del conocimiento biológico las herramientas básicas para el diseño de estrategias moleculares de identificación, diagnóstico y tipificación de microorganismos de interés en salud animal. A su vez, se pretende fomentar la interacción entre los estudiantes de distintas áreas y entre éstos y los docentes participantes, estimulando la generación de ideas y la cooperación científica.
Encontrarán más información en la imagen y en este enlace.
A través de una convocatoria de la ANII, IIBCE forma parte de un proyecto de 3 años en el que colaboran centros de investigación de varias partes del mundo. Se trata de un proyecto ERANet- LAC, llevado adelante por instituciones de América Latina, el Caribe, y Europa.
El nombre suena tan importante como su objetivo: METHANOBASE, una base de datos sobre las emisiones de metano en un escenario de cambio climático. Específicamente, METHANOBASE buscará obtener información significativa sobre la forma en que algunos microorganismos liberan metano a la atmósfera, en las condiciones actuales, y frente a un aumento de temperatura simulado en el laboratorio.
El metano es uno de los principales gases de efecto invernadero y por ende uno de los responsables del aumento global de la temperatura atmosférica. El objetivo principal del proyecto, entre otros, será evaluar el efecto del aumento de la temperatura en las emisiones de metano en los ambientes fríos. ¿Se van a incrementar o no?
Microorganismos Bioindicadores
Para prevenir perturbaciones ambientales de impacto negativo sobre el planeta, necesitamos evaluar escenarios posibles a futuro. Uno de estos escenarios es la vida en ambientes fríos que ya no lo son tanto. Con METHANOBASE se simulará un aumento de la temperatura, incubado los microorganismos encontrados en estos ambientes a temperaturas por encima de lo habitual. Durante la incubación, se medirá tanto la emisión como el consumo de metano.
¿Quiénes son los protagonistas?
Las arqueas y las bacterias, dos tipos de organismos procariotas, algunos de ellos muy primitivos, responsables de liberar y consumir este gas en nuestro medio.
¿Alguna vez escucharon culpar a las vacas del cambio climático? Ellas no son las responsables directas: tanto las vacas como nosotros tenemos arqueas en nuestro sistema digestivo, y es a través de su propio metabolismo que liberamos este gas. Como cada vez hay más vacas para nuestro consumo de carne, se las culpa de ser las principales generadoras del efecto invernadero*, aunque cuando hablamos sus emisiones de metano, nos referimos a los productos del metabolismo de las arqueas que llevan dentro.
Claudia Etchebehere, responsable del proyecto por el IIBCE y Celine Lavergne (francesa trabajando en la Universidad de Valparaíso en Chile)
Un proyecto internacional
En estos tres años que ya comenzaron a correr, se tomarán muestras de 3 lugares del mundo bien alejados: Alaska, Siberia y Punta Arenas. Estos sitios representan los ecosistemas Ártico, Subártico y Subantártico respectivamente y se eligieron porque allí, el suelo pasa una temporada congelado y esto evita que entre oxígeno. Como las arqueas que emiten metano son anaerobias, viven en ausencia de oxígeno, en estos suelos existe mayor capacidad de metabolizarlo. Además, los ambientes fríos son más sensibles a los cambios de temperatura. Otro punto importante es que los 3 sitios tienen un tipo de ecosistema de suelo específico llamado peatland o turbera, donde se acumula materia orgánica favoreciendo el metabolismo. Por último, todos cuentan con laboratorios cerca para procesar las muestras.
ERANet-LAC se lleva a cabo por un consorcio de grupos de investigación: Las Universidades de Valparaíso y Magallanes de Chile, el grupo Ecolab de Toulouse, Francia, donde trabaja la directora, Dr Maialen Barret, el grupo Biodiversity and Evolution Genomics de Bélgica, uno especializado en transcriptómica de la Universidad de Tromso de Noruega, otro de la Universidad Fairbanks de Alaska, el laboratorio de Geocriología de Igarka, Siberia y el IIBCE de Montevideo.
Cada grupo de investigación pondrá su parte para avanzar en el estudio de la estructura de las comunidades microbianas ligadas al metabolismo de metano y su relación con las condiciones ambientales donde viven.
Se realizarán 3 muestreos en total. Uno ya se hizo en Punta Arenas, otro está ocurriendo ahora será en Alaska (junio) y el último en Siberia, en julio y agosto. En cada muestreo, primero se miden las emisiones en el lugar mismo, in situ. Esto es posible gracias a un dispositivo que permite detectar los flujos de gases metano (CH4), CO2 y O2, que se medirán en los suelos cerca de los lagos, en las turberas y en la propia agua.
Armando Sepulveda (mexicano que trabaja en la Universidad de Magallanes en Chile) y Celine, realizando los muestreos.
Además de las mediciones de flujo de gases in situ, se tomarán varias muestras que se llevarán al laboratorio para extraerle su ADN y ARN. El ADN permitirá estudiar qué bacterias y qué arqueas hay, con el gen marcador 16S del ADN ribosomal. Para ver qué pasaría si aumentara la temperatura, será justamente el grupo del IIBCE quien realice la simulación, incubando las muestras con el sustrato adecuado, en este caso Acetato o Hidrógeno. Luego de un tiempo considerable de incubación, de aprox. 100 días, ya que las arqueas metanogénicas crecen lento, se medirá la producción de metano hasta que se acabe el sustrato.
Con los análisis de ADN se verá qué especies fueron favorecidas en ese cambio de temperatura. También se determinarán los genes de una enzima específica de las arqueas y otro gen específico de las bacterias que consumen metano. Esto permitirá cuantificar el porcentaje de estos genes por gramo de suelo y ver cuántos hay de un tipo u otro, el pool genético. Por último, se buscará evaluar qué ambientes tienen más producción o más consumo, si la materia orgánica favorece o desfavorece un proceso u el otro, entre otros aspectos de la ecología microbiana.
Celine y Bruna en el Instituto de Geofisica de la Universidad de Alaska en Fairbanks
Otros aportes del proyecto
Todos los datos del proyecto servirán para aumentar la base mundial de datos sobre la biodiversidad del planeta, a su vez la base de datos de las potenciales funcionalidades de las comunidades de microorganismos. En particular, el grupo de Bélgica que está desarrollando una base de datos georeferenciados de microorganismos de ambientes fríos, aumentará su cobertura. Por ahora se llama mARS, pues la mayor parte de sus datos son de la Antártida; con ERANet-LAC aumentará su base de datos y obtendrá más información para comparar la ecología de las especies con sus respectivos ambientes.
Para este proyecto, en el IIBCE se hizo un llamado a un cargo de posdoctorado. Se presentaron 8 candidatos de varias partes del mundo como Alemania, Brasil y Francia. Finalmente fue una Brasilera, Bruna Dellagnezze, quien vino instalarse a nuestro Instituto por un año para llevar adelante su parte del proyecto.
ERANet-LAC es un gran avance para nuestra ciencia y la de todo el mundo. Es un proyecto IIBCE de Alto Impacto, no sólo local. Además de contribuir al conocimiento global de nuestro plantea en constante cambio, para Uruguay, participar en una investigación de esta escala permitirá acceder a técnicas y tecnologías modernas que no existen en nuestro país, además de intercambiar abordajes y conocimientos de frontera.
Contacto con la responsable del proyecto en IIBCE: Claudia Etchebehere – cetchebe@gmail.com
Proyecto dentro de los aprobados por el programa ERANet-LAC (pág. 11)
Este curso comienza el 5 de abril y se llevará a cabo los martes de 18 a 21 horas en la Sala Sáez de nuestro Instituto. El objetivo general es capacitar al estudiante en las bases conceptuales de la biología de la conservación y las metodologías de estudio, analizando los aspectos demográficos, genéticos y ecológicos.
Programa
Biología de la Conservación
Diversidad Biológica
Concepto de especie y de unidades de conservación –
Conservación in situ.
Biología de poblaciones pequeñas aspectos demográficos y genéticos
Variabilidad Genética
Arthropoda: un grupo megadiverso y su importancia en la conservación de la biodiversidad
Medicina de la conservación
La investigación biológica y la educación ambiental
Prioridades de Conservación. Selección en base a especies. Como definir áreas de conservación.
Practico: Modelos poblacionales empleando programa Vortex.
Inscripciones a partir del 7 de Marzo en Bedelía Facultad de Ciencias
Fecha límite de inscripción 31 de Marzo de 2016
Cupo para práctico: 15
Luego de inscripto enviar por mail a: sugonza9@yahoo.com con una carta de una carilla explicando la motivación a realizar el curso y resumiendo su CV. Si el cupo se excede se seleccionara en base a esta nota.
Tendrán prioridad los estudiantes de PEDECIBA
Coordinadora: Dra. Susana González
Docentes: Dr. Enrique Morelli & Dr. Miguel Simó
Docentes colaboradores: Dra. Mariana Cosse, Dra. Claudia Elizondo, Mag. Natalia Mannise
La Sociedad Uruguaya de Microbiología (SUM) los invita a participar de la primera edición del ciclo de conferencias informativas “Patógenos emergentes y su vinculación con el cambio global“.
La primera jornada tratará sobre los virus Zika, Dengue y Chikungunya.
Será jueves 25 de febrero a las 17:30 h en el salón de actos del Instituto de Investigaciones Biológicas Clemente Estable (Avda. Italia 3318).
La entrada es libre y gratuita.
Programa:
17:30-17:40: Bienvenida: Dra. Claudia Piccini (SUM)
17:40 – 18:00: “Virología de Zika, Dengue y Chikungunya” Dr. Juan Arbiza/ Dra. Adriana Delfraro. Sección Virología, Facultad de Ciencias, UdelaR
18:00 – 18: 20: “Biología del vector” Dra. Gabriela Willat. Unidad de Zoonosis, Ministerio de Salud Pública.
18:20 – 18:40: Pausa para café
18:40 – 19:00: “Prevención, diagnóstico y políticas oficiales”. Dr. Héctor Chipparelli. Departamento de Laboratorios Ministerio de Salud Pública
19:00: Preguntas del público
19:30: Cierre de la actividad
Dada la importancia de la temáticas abordadas, les agradecemos la máxima difusión posible del evento.
Los esperamos
—
Comisión Directiva
Sociedad Uruguaya de Microbiología