Cluster Locator, una herramienta en línea para para analizar y visualizar el agrupamiento de genes

Hace pocos días, investigadores del Departamento de Biología del Neurodesarrollo del IIBCE presentaron esta herramienta en “Bioinformatics”, la revista más importante del área.

Compartimos un resumen de este logro institucional, que además beneficiará a la comunidad académica nivel internacional.

Determinar las funciones biológicas de los genes o de las proteínas que estos codifican, es uno de los principales objetivos de la biología moderna, ya que es clave para entender el proceso de la vida a nivel molecular. Además de su interés científico, también es fundamental para todas las actividades cuyos productos y servicios involucran conocimiento y capacidad de control sobre los procesos biológicos y los seres vivos, como por ejemplo la producción de alimentos o el desarrollo de nuevos medicamentos. Sin embargo, la función de la mayoría de los genes aún es desconocida y además, como muchos genes poseen varias funciones, es muy probable que muchos de los genes que ya tienen alguna función asignada, posean otras por descubrir.

Actualmente, existen nuevas tecnologías que permiten obtener cantidades enormes de datos sobre cómo se expresan nuestros genes en diversas condiciones. Sin embargo, establecer experimentalmente las funciones biológicas de los genes insume mucho tiempo y dinero. En este contexto, la predicción computacional de funciones génicas ha cobrado suma relevancia.

Estas predicciones tienen la enorme ventaja de dirigir la experimentación a listas de genes con alta probabilidad de ser necesarios para una función biológica particular, ahorrando tiempo y recursos. Los métodos de predicción de función génica que obtienen los mejores resultados utilizan técnicas de inteligencia artificial, en particular, del aprendizaje automático (machine learning). Estos métodos son capaces de aprender a reconocer cuándo es muy probable que un gen tenga cierta función biológica a partir de algunas de sus características.

Desde hace un tiempo, investigadores del Departamento de Biología del Neurodesarrollo del IIBCE comenzaron a investigar la posibilidad de entrenar algoritmos de aprendizaje automático para predecir nuevas funciones de genes a partir de sus ubicaciones relativas en el genoma.  Con ese objetivo y en colaboración con investigadores del País Vasco, desarrollaron “Cluster Locator”, una herramienta de análisis computacional que permite analizar estadísticamente la distribución en el genoma de una lista de genes provista por el usuario.

¿Cómo funciona?

Una vez que se especifica la lista de genes que se desea analizar, Cluster Locator determina la cantidad, el tamaño y la ubicación de todos los agrupamientos de genes (clusters). La herramienta también realiza un análisis estadístico de los resultados, que permite estimar cuán significativos son o, si por el contrario, el azar podría arrojar resultados similares. La herramienta permite además visualizar un esquema de la distribución  los genes de la lista en el genoma. Más allá de la gran importancia que tendrá para las futuras investigaciones del Departamento, Cluster Locator puede ser muy útil para otros investigadores con otras líneas de investigación, por eso sus desarrolladores decidieron que estuviera disponible en línea en forma gratuita. Hace pocos días, el grupo de investigación mencionado presentó esta herramienta en un artículo* publicado por “Bioinformatics”, la revista más importante del área.

La herramineta está disponible aquí: http://clusterlocator.bnd.edu.uy/

El artículo está disponible aquí: https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article/doi/10.1093/bioinformatics/bty336/4986419?guestAccessKey=0912248b-3c43-4ace-b28a-6fd6bc5ec152

*Cluster Locator, online analysis and visualization of gene clustering. Flavio Pazos Obregón, Pablo Soto, José Luis Lavín, Ana Rosa Cortázar, Rosa Barrio, Ana María Aransay, Rafael Cantera

Por consultas pueden escribirle a Flavio Pazos fpazos@iibce.edu.uy, Departamento de Biología del Neurodesarrollo del IIBCE.

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Hacia la equidad: ciencia, tecnología, ingeniería y matemáticas

Desde el 2016, como parte de las políticas de género que estamos implementando en el Instituto, formamos parte de la Mesa Interinstitucional de Mujeres en Ciencia, Tecnología, e Innovación*. Este grupo de trabajo es coordinado por la Asesoría en Género de la Oficina y Planeamiento y Presupuesto y se conformó el mismo año en el marco del Proyecto Internacional SAGA-UNESCO.

Derribando barreras: por más mujeres en las áreas STEM (2018)

En este mes de la Mujer, dedicado a promover la igualdad de oportunidades en la ciudadanía, nos complace divulgar el siguiente comunicado de la Mesa:

Compartimos además, un documento de trabajo que muestra la situación de las mujeres en las áreas de estudio y trabajo denominadas STEM (por sus siglas en inglés: science, technology, engineering and mathematics; ciencia, tecnología, ingeniería y matemáticas). Este trabajo muestra la participación desigual de mujeres y hombres en estas áreas; de ahí que desde la Mesa, trabajemos por visibilizar y revertir esta situación

Enlace al documento

Lecturas relacionadas:
Mujeres en ciencia, tecnología, e innovación, un problema de justicia
Género ConCiencia UYCheck

*La Mesa Interinstitucional de Mujeres en Ciencia, Tecnología, e Innovación está integrada por: Oficina de Planeamiento y Presupuesto (OPP) el Ministerio de Educación y Cultura (MEC), el Consejo Directivo Central de la Administración Nacional de Educación Pública (CODICEN ANEP), la Comisión Sectorial de Investigación Científica de la Udelar (CSIC), la Facultad de Ingeniería de la UdelaR (FING), el Instituto de Investigaciones Biológicas Clemente Estable (IIBCE), la Agencia Nacional de Investigación e Innovación (ANII), la Cámara Uruguaya de Tecnologías de la Información (CUTI), el Plan Ceibal, el Ministerio de Industria, Energía y Minería (MIEM) el Programa de Desarrollo en Ciencias Básicas (PEDECIBA), el Instituto Nacional de las Mujeres del Ministerio de Desarrollo Social (INMUJERES) y la Agencia de Gobierno Electrónico y Sociedad de la Información y del Conocimiento (AGESIC).

Lanzamiento del comic Bacterias: ...

Lanzamiento de “Bacterias: La historia más pequeña jamás contada”

El 16 de marzo a las 18:00 lanzaremos la historieta “Bacterias: La historia más pequeña jamás contada” en el Salón de Actos del nuestro Instituto*

Los investigadores involucrados en este proyecto creen firmemente que la educación científica es imprescindible para el desarrollo de los niños. De ahí la necesidad de fomentar la apropiación de conocimiento y la curiosidad por estos organismos tan importantes y relegados.

Por eso, en 2017 estos jóvenes de la División Ciencias Microbiológicas del IIBCE comenzaron una gran aventura: crear un libro para niños de 10 a 12 años donde se explique el maravilloso e increíble mundo de las bacterias, y además, de forma amena y divertida.

La historieta pretende acercar el mundo microscópico los más jóvenes (y los no tan jóvenes) mediante ilustraciones atractivas y diálogos. Para ello contamos con la financiación de la ANII y el talento de Nicolás Peruzzo y Alejandro Rodríguez Juele, ilustradores y guionistas de Bandas Educativas, ambos con trayectoria en la generación de contenidos educativos.

Esperamos que todos disfruten de esta historieta tanto como todos nosotros, comenzando por los investigadores y dibujantes que disfrutaron creándola para ustedes.

Una muestra de la historieta

Una muestra de la historieta

Este proyecto es fruto del trabajo de los siguientes investigadores de la División Ciencias Microbiológicas del IIBCE:

Vanesa Amarelle (responsable), Susana Deus Alvarez, Gastón Azziz, Valentina Carrasco, Sofía Fernández, Victoria Braña, María José González, Ana Umpierrez, Ana Karen Malán, Daniella Senatore, Inés Loaces, Gabriela Heijo, María A. Morel, Paola Scavone, Daniela Arredondo, Gabriela Martínez de la Escalera

Y por Bandas Educativas, de Alejandro Rodríguez Juele y Nicolás Peruzzo.

*El IIBCE está en Avenida Italia 3318, entre Magariños Cervantes y Fco. Simón

Web del proyectohttp://bacteriascomic.iibce.edu.uy/
En Bandas Educativas:  
http://www.bandaseducativas.com/proyectos/bacterias-la-historia-mas-pequena-jamas-contada-cap-i-ciudad-bacteria/

 

 

El microscopio mágico

Luego de un 2017 muy productivo, pleno de festejos y reconocimientos por nuestro 90 años, en el 2018 tenemos una muy buena noticia para continuar celebrando:

El Instituto acaba de obtener financiación para ejecutar un proyecto vinculado a la Educación, que busca estimular el aprendizaje en el área científica a través de la exploración del mundo microscópico. La propuesta es una de las cinco que serán financiadas luego de haberse presentado al llamado del Fondo Sectorial “Inclusión Digital: Educación con nuevos horizontes” de la ANII.

Coordinado por la Dra. Alejandra Kun del Departamento de Proteínas y ácidos Nucleicos del IIBCE, cuenta con la participación de investigadores, docentes y profesionales de las Facultades de Ingeniería, Ciencias, Medicina y Veterinaria, y del Centro GEN, de Artes y Ciencias.

“El microscopio mágico” será una herramienta informática para estimular el aprendizaje en el área científica y promover una pedagogía establiana, basada en la inclinación natural de los niños hacia la observación, la interrogación y la experimentación. Esta pedagogía fue plasmada en el Plan de Pedagogía Causal de 1931, conocido como el Plan Estable en honor a su creador, el Maestro Clemente Estable. Fue incluso puesta en práctica en varias escuelas públicas del país (Nº 12, Nº70, Escuela Experimental de Malvín, entre otras), durante períodos variables de tiempo entre 1940 y 1980.

El proyecto “El microscopio mágico” se pondrá a prueba en forma piloto en 6 escuelas, 3 rurales y 3 del área metropolitana. En una segunda etapa se extenderá a un número mayor de 30 esceulas aproximadamente. Para ello cuenta con el apoyo de un importante número de docentes con quienes hemos trabajado e intercambiado experiencias de trabajo en torno al Plan Estable.

Se trata de una interfase conectada a la Red Ceibal, donde los estudiantes accederán a un microscopio virtual y encontrarán un repositorio de imágenes originales con diferentes niveles de aumento. A partir de estas microfotografías y con diferentes recursos que permitan el ensayo y el error (como cambiar el foco o la magnificación del microscopio), los niños podrán jugar y aprender al mismo tiempo.  

Todas las imágenes serán generadas en el proyecto con lupa y microscopio óptico, para explorar, con esta nueva herramienta, el acceso a un universo en otras dimensiones. En la plataforma de aprendizaje además, habrá contenidos relacionados con la práctica y las bases físicas de la “magia” del microscopio: la naturaleza de la luz, la historia de la microscopía o cómo preparar muestras para verlas al detalle.

Con este proyecto, desde el Instituto aspiramos a contribuir con el enfoque establiano que coloca al niño como centro, que busca desde su perspectiva una mirada sobre la naturaleza, y una forma de explorar sus incógnitas; rescatando el vínculo que devuelve a la ciencia su condición de arte, por su belleza y su búsqueda del bien.

Nuestras investigadoras celebran el #11F

El 11 de febrero, un día especial para reflexionar sobre Ciencia y Género

En el Día Internacional de la Mujer y la Nina en la Ciencia (cada 11 de febrero desde el 2015) queremos contarles una buena noticia: nuestro Instituto ya tiene una Comisión de Género, conformada por 3 integrantes de 3 áreas distintas de trabajo.

Federica Moreno, Fernando Rodríguez y Cecilia González, de Genética, Administración y Comunicación respectivamente, estarán encargados de trabajar y continuar colaborando en distintas iniciativas a nivel nacional, para mejorar la equidad de género en el ámbito científico.

¿Por qué es importante destacar el rol de la mujeres en la ciencia?
Desde el área de Comunicación del IIBCE vimos en el #11F una oportunidad para reflexionar y promover la reflexión en torno al tema. Conversamos con compañeros de todas la áreas del Instituto y nos cuestionamos, buscando mensajes para compartir. Obtuvimos varias contribuciones que veremos a continuación y, como sucede en ciencia, ahora tenemos nuevas preguntas para seguir trabajando.

Laura Fuentes, becaria de iniciación a la investigación en microbilogía, nos contó su visión:

Las mujeres han contribuido al conocimiento a lo largo de la historia y como la ciencia también es una construcción social, es necesario lograr la igualdad de género en este ámbito…

Hacemos ciencia porque nos motiva la constante búsqueda de conocimiento y de la verdad, como cualquier hombre que decide hacer ciencia.

Todas contamos con el intelecto y las capacidades de hacer investigación…
Ser mujer no es un impedimento, sino un importante complemento para la ciencia.

Silvia Olivera, Dra en Neurociencias, nos comentó: No se me ocurre pensar la ciencia sin mujeres, es como aceptar el universo por la mitad.

María José González, estudiante de maestría en microbiología, cree que esta fecha es importante

para promover el gusto por la ciencia,  mostrar todo lo que se puede llegar a descubrir y lo que queda por conocer… Para inspirar a las jóvenes a seguir lo que les apasiona. ¡No hay límites para lo que pueden hacer!

Otros investigadores optaron por acercarnos pensamientos de científicas reconocidas:

<< Sería bueno sentir menos curiosidad por las personas y más por las ideas>>
(Marie Curie)

<<Sometimes it’s hard to be a woman. It’s even harder if you’re trying to be a scientist. Somehow, this handful of talent women did a great job at both>>
(Tammy Wynette)
(A veces es difícil ser mujer, es aún más difícil ser científica. De alguna manera, una cantidad de mujeres talentosas hicieron un gran trabajo en ambos casos).

<<Defiende tu derecho a pensar, porque incluso pensar de manera errónea es mejor que no pensar>>
(Hipatia de Alejandría)

<<La diferencia entre un hombre y una mujer es epigenética, ambiental, y el capital cerebral es el mismo: en un caso fue históricamente reprimido en el otro alentado >>
(Rita Levi–Montalcini)

Nos gustaría terminar esta pequeña nota con una reflexión general. Como nos comentó la investigadora en Neurociencias Alejandra Kun (quien acaba de ganar un proyecto de Educación en Ciencias con Inclusión Digital del que hablaremos en breve en este blog), la ciencia es ante todo un juego de niñas y niños:

La ciencia es inherente al ser humano. El método científico es la forma en que conocemos el mundo cuando somos pequeños.

Pero, por sobre todas las cosas, la ciencia es parte de nuestra vida y cada vez más, es parte de la cultura, ya que es una forma natural y humana de conocer el mundo. ¡Bienvenidas entonces las mujeres en la ciencia, madres de todas y todos los investigadores del mundo!

Nuestras investigadoras celebran el #11F

Nuestras investigadoras celebrando el #11F en su laboratorio, Bioquímica y Genética Microbianas

Compartimos algunos enlaces que consideramos interesantes sobre el tema

Mujeres, ciencia y desigualdad
Excelente artículo (en inglés), sobre los sesgos de género en los reportes científicos (admitidos por escritores de prestigio).
11 de febrero en la página oficial de la Organización de las Naciones Unidas
Mujeres y niñas con esenciales para la Ciencia y la Tecnología.

Primera jornada de reconocimiento a la ciencia

El miércoles 6 de diciembre se realizó la primera jornada de reconocimiento a la ciencia en el auditorio del Sodre, organizada por la nueva Dirección para el Desarrollo de la Ciencia y el Conocimiento (D2C2), del Ministerio de Educación y Cultura.

El Instituto de Investigaciones Biológicas Clemente Estable resultó ser un centros de investigación estrella, ya que 5 de nuestros integrantes fueron reconocidos; puntualmente recibieron una mención 4 investigadoras posdoctorales, María José Albo, Leticia Bidegaray, Rosana Rodríguez y Paola Scavone, además de la Dra. Karina Anúnez, que recientemente ganó el Premio L’Oréal Unesco por las Mujeres en la ciencia.

Ha sido un orgullo y un placer celebrar la ciencia junto a colegas premiados de varias disciplinas y niveles de formación. Fue una noche muy especial, motivadora, que marcó una señal de cambio hacia una cultura inclusiva, donde la ciencia se valora, se disfruta y es un componente fundamental.

Desde el Instituto queremos agradecer y reconocer a la D2C2 por esta valiosa iniciativa.
Esperamos reencontrarnos en 2018, una nueva celebración.

Una política y un mejor presupuesto

¿Cúal es la situación de la investigación en Uruguay? ¿De dónde parte y hacia dónde va?

Durante las últimas  semana, se está dando un debate sobre estos y otros puntos en referencia a la Ciencia y Tecnología en el Uruguay del cual el Instituto no es ajeno. Por eso, queremos compartirlo.  En ese sentido, investigadores de distintas instituciones del país, firmaron una carta  abierta para el Presidente Tabaré Vázquez.

El documento pretende llamar la atención sobre la situación que vive la investigación científica de nuestro país: indefinida, precaria y desprovista de recursos. Como comentamos en una nota anterior a propósito de la mesa de políticas científicas en nuestras primeras jornadas de investigación, no existe política científica clara en el Uruguay.

Esta situación preocupa a la comunidad, y no solo la comunidad académica. Los jóvenes estudiantes de grado y posgrado por ejemplo, reciben señales de inestabilidad e incluso la falta de integración entre la academia y el sector político.

En el Instituto creemos en el diálogo, y que podemos trabajar en conjunto para definir y desarrollar una hoja de ruta para la investigación. Consideramos que la generación de conocimiento de calidad y de frontera, es la plataforma de base  fundamental para cualquier innovación productiva.

La carta es una llamado a considerar todas la partes involucradas, para sentar una política científica transparente, y sobretodo, con coherencia y estabilidad. Es también una alerta, porque la inversión que el estado ha venido realizando para mejorar nuestro sistema científico, tecnológico y de innovación, está en peligro.

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Carta abierta de los investigadores

Notas en prensa al respecto de este tema:

Eduardo Manta será el secretario de Ciencia y Tecnología Portal 180.com.uy

Investigadores reclaman a Vázquez recursos prometidos y la “urgencia” de una política científica
la diaria

Investigadores reclaman más presupuesto y critican a la ANII | ANII, Ciencia, Gobierno
El Observador

MEF comprometió apoyo de un millón de dólares para financiar proyectos de investigación científica
la diaria

Entrevista sobre la carta al investigador José Valle Lisboa Miercoles 22 de noviembre
Radio Uruguay

Nota sobre el presupuesto para la investigación y la escasa financiación de proyectos
¿Nos quedamos sin saber?

Debate sobre políticas de CTI en el marco de los 10 años de la ANII
No Toquen Nada

Más de 1000 investigadores firmaron una carta abierta en menos de 24 horas
la diaria